En los siglos XVIII y XIX, cuando recibieron nombres científicos, se creía que la alpaca era descendiente del guanaco (Lama guanicoe), y fue denominada por ello Lama pacos, ignorándose sus similitudes con la vicuña, tanto en tamaño, como en la lana y la dentición. Su clasificación se complicó tras comprobarse que las cuatro especies de camélidos suramericanos pueden cruzarse entre sí y dar descendencia fértil. No fue hasta el siglo xxi que, gracias al desarrollo de las técnicas de análisis de ADN pudo demostrarse finalmente que la alpaca y la vicuña están estrechamente relacionadas, y que el nombre científico correcto es Vicugna pacos, aunque también se detectó en sus poblaciones introgresión genética de la llama al encontrarse un porcentaje de su genoma mitocondrial ADN proveniente de dicha especie
