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La anaconda es de color verde oscuro, con marcas ovales de color negro y ocre en los flancos. El vientre es más claro, y en la parte final de la cola muestra diseños en amarillo y negro que son únicos para cada ejemplar. El hocico está cubierto por seis escamas engrosadas, tres a cada lado, que constituyen el rasgo más distintivo que separa las especies del género Eunectes de otros boidos. La cabeza es estrecha, y no presenta un cuello

En esta especie de víbora el patrón de coloración puede variar. El color de fondo puede ser oliva, marrón, beige, gris, amarillo, o (raramente) un color pardo herrumbroso. Las marcas del cuerpo y el contraste pueden variar también: en algunos especímenes el patrón queda bien definido, mientras que en otros puede ser prácticamente inexistente. Sin embargo, en general el patrón del cuerpo consiste de una serie de manchas dorsolaterales que son rectangulares o de forma trapezoidal y se extienden desde