La Aplysina fistularis consta de estructuras tubulares que surgen de una base. Cada tubo rara vez mide más de 30 centímetros (11,8 plg) en aguas claras, pero puede alcanzar los 50 centímetros (19,7 plg) en arrecifes de zonas turbias.3 La esponja tiene oscula amplia y paredes delgadas con superficies estriadas. A diferencia de la especie relacionada Aplysina insularis, A. fistularis no desarrolla proyecciones en forma de cuerda alrededor de sus tubos, aunque puede mostrar algunos zarcillos que se ramifican a partir de ellos.