Las principales amenazas a las que se enfrentan los peces limón del Tanganyika son:
Pérdida de hábitat: La contaminación y la sobrepesca están degradando el lago Tanganyika, lo que está reduciendo el hábitat de los peces limón.
Sobrepesca: Los peces limón son una especie popular en el comercio de peces de acuario, y se pescan en exceso para este fin. Esto está poniendo a la especie en riesgo de extinción.
Introducción de especies no nativas: Las especies no nativas pueden competir con los peces limón por los recursos, como el alimento y el espacio. También pueden transmitir enfermedades a los peces limón.
Cambio climático: El cambio climático está provocando el aumento de las temperaturas del agua y la acidificación de los océanos, lo que está afectando a los peces limón.