Cuerpo semitranslúcido, con bandas blancas (en machos) o rosa pálido (en las hembras). Los apéndices no presentan un patrón definido. Los pedúnculos oculares muestran bandas blancas. Cuerpo glabro. Caparazón con fuerte espina antenal. Escafocerito con diente distal que no alcanza al ápice de la hoja. Pereiópodos 3-5 con el dáctilo delgado y biunguiculado. Telson con espinas
dorsales desarrolladas.
Habita en el interior de moluscos bivalvos conocidos como conchas plumas (Pinna rigida, P. carnea y Atrina sminuda), y entre las ramas del ofiuro Astrophyton muricatun. Entre 1-21 m de profundidad. La asociación de Pontonia mexicana con las conchas plumas ha
sido catalogada por algunos autores como simbiótica y por otros como de parasitismo. Esta especie es encontrada generalmente formando parejas dentro de su hospedero, sin embargo, no es
monógama, como este hecho pareciera indicar. Prueba de ello es que el dimorfismo sexual en especies monógamas, bajo condiciones similares (viviendo en el interior de un hospedero) suele ser bajo o nulo, dado que la selección sexual es débil
en este sistema de apareamiento. Pontonia mexicana, sin embargo, presenta un marcado dimorfismo sexual, donde el macho presenta quelípedos mucho más grandes que los de las hembras, y frecuentemente cambia de anfitrión en busca de hembras receptivas, lo cual, sucede cuando estas están cerca de mudar.